自体造血干细胞移植可以治疗以下多种疾病：急性髓细胞白血病、急性淋巴细胞白血病、多发性骨髓瘤、淋巴瘤、实体肿瘤（如神经母细胞瘤、神经胶质瘤、软组织肉瘤、胚组织瘤、乳腺癌、肺癌、卵巢癌、肾癌等）以及自身免疫性疾病（如系统性红斑狼疮、多发性硬化、克罗恩病等）。当然，应该到具有丰富经验的移植中心咨询相关专家以明确是否应该选择自体造血干细胞移植来治疗相关疾病。