建国前，黄土高原人间鼠疫流行猖獗，每隔几年就有一次流行，怀疑存在鼠疫自然疫源地。1962年7月，甘肃会宁县刘寨乡黑窑洞村农民因剥死猫皮感染暴发人间鼠疫，发病26例、死亡11例，死亡率42.3%，同年8月波及毗邻的宁夏海原县大西沟村，发病4人均死亡。从病人尸体和自毙沙狐体内分离出鼠疫菌，从而证实了疫源地的存在。

阿拉善黄鼠疫源地位于宁夏回族自治区南部山区三县（固原、海原、西吉）和甘肃省东部的白银市会宁县、平川区共16个乡（镇）1个牧场，常住人口约15万。疫源地面积2860km ²，位于东经105°10′~106°7′，北纬36°10′~36°40′。地理景观由山地和黄土丘陵构成，海拔1500~2950m，地形起伏连绵，沟壑纵横，地表支离破碎，属黄土高原西部丘陵干草原景观。气候为温带半干旱气候，年平均气温为5.3~6.5℃，最高温度在7月份20℃左右，无霜期120~180天，年平均降雨量200~500mm。天然植被干草原为主体类型，禾本科为代表性草原群系，约占50%~70%，土壤属黄土高原黑垆土带西北延伸部分，属于古北界华北区黄土高原亚区。

该疫源地范围内共发现啮齿动物5目10科21属31种，阿拉善黄鼠为优势种群，占历年调查啮齿动物总数的61.80%~94%，其次达乌尔鼠兔占13.28%、五趾跳鼠占3.20%，中华鼢鼠占2.10%，大仓鼠占0.61%。数十年间阿拉善黄鼠密度始终占绝对优势，未见演替和更新。

阿拉善黄鼠密度一般维持在5只/公顷左右，经过杀灭后一般维持在0.30只/公顷左右。根据多年调查表明2~3龄鼠占种群总数的82.80%，构成了阿拉善黄鼠的基本年龄组，7月份为幼鼠分居期，幼鼠占种群总数的74.20%，雌雄比为1∶0.97；怀孕率为96%，胎仔数1~9个，平均为5个，3月上旬开始出蛰，10月份开始冬眠，活动范围150~500m。

发现4种动物染疫：阿拉善黄鼠、五趾跳鼠、达乌尔鼠兔、沙狐。该疫源地中共分离鼠疫菌159株，其中由阿拉善黄鼠分离出127株，占检菌总数的80%。在大面积的调查中，流行期间带菌率为0.16%。然而，在自毙动物中的检菌率曾高达69.40%。从活的阿拉善黄鼠检菌率为31%，有时也相当高，如1991年检出4株鼠疫菌都是从活的阿拉善黄鼠体检出的。

阿拉善黄鼠作为主要储存宿主的根据除上述检菌率外，流行时间也最长。在所有检出流行的年度，均从该种动物检出鼠疫菌，而其他动物中只是偶然检出。

抗体检测的结果也支持该种的主要储存宿主地位，在流行年份中，从该种每年都能检出血凝试验阳性抗体，滴度也较高。

疫源地中共发现蚤类10科26属60余种（亚种），1981~1998年调查中共检活体黄鼠55 215只，获蚤77 625匹。寄生在阿拉善黄鼠体的蚤类群落构成为方形黄鼠蚤蒙古亚种66 385匹，占总数85.52%，4~7月份蚤指数分别为1.95、0.82、0.80、1.18；阿巴盖新蚤7660匹，占总数9.87%，4~8月份蚤指数分别为0.23、0.10、0.10、0.10、0.13；升额蚤边膨亚种2435匹，占总数3.14%，4~7月份蚤指数分别为0.07、0.03、0.05、0.04；角尖眼蚤指名亚种1145匹，占总数1.47%。

阿拉善黄鼠体表的蚤类中共检出20株鼠疫菌，方形黄鼠蚤蒙古亚种14株，占蚤类检菌总数的58.33%；阿巴盖新蚤检出6株，占25%；升额蚤边膨亚种检出3株，占12.50%；角尖眼蚤指名亚种检出1株，占4.17%。

寄生于该疫源地主要储存宿主阿拉善黄鼠的蚤类中，方形黄鼠蚤蒙古亚种居第一位，阿巴盖新蚤和升额蚤边膨亚种也有一定的数量。蚤类中分离鼠疫菌的数量，这三种也占前三顺位。方形黄鼠蚤蒙古亚种和阿巴盖新蚤的指数和吸血率均以4月份最高，为该疫源地鼠疫流行主要高峰的成因。而升额蚤8月份吸血率最高，占80%，与动物间鼠疫流行的第二个高峰有关。从这些资料判断，这三种蚤应为该疫源地的主要媒介。

1962~1991年在疫源地中共分离鼠疫菌159株，均为强毒鼠疫菌，毒力因子为Pgm ^＋、VWa ^＋、Fral ^＋、Pst ^＋，对小白鼠LD ₅₀为1~50个菌，对豚鼠为5~562个菌。

生态分型属黄鼠高原A型和B型，特点为发酵甘油和密二糖，脱氮呈阴性。有个别菌不发酵鼠李糖。该疫源地菌多数含有6MD、45MD、65MD三种质粒，但也有含13MD质粒的鼠疫菌。

由于该疫源地与东北及内蒙古东部的达乌尔黄鼠鼠疫自然疫源地地理上遥远分隔，根据其自然环境特征，主要储存宿主为不同的种类，以及鼠疫菌的特征差异，该疫源地应为一独立的疫源地类型，定名为甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫自然疫源地。

阿拉善黄鼠的鼠疫流行季节较短，5~6月份为高峰季节，流行曲线多为单峰形。

阿拉善黄鼠鼠疫疫源地自1962年发生人间鼠疫流行判定为鼠疫疫源地后，共在动物间监测到鼠疫流行四次：1963~1964年第一次流行，共检出82株鼠疫菌；第二次动物鼠疫流行1967年，检出1株鼠疫菌；第三次鼠疫流行1975~1978年，共检出73株鼠疫菌；第四次动物鼠疫流行1991年，在海原县红羊乡从2只活阿拉善黄鼠体内分离出4株鼠疫菌。年际变化不规则。

四次动物鼠疫流行中，三次鼠疫流行是从海原县红羊乡周围检出鼠疫菌，整个疫区有老疫点65处，海原县占42处，占疫点的91.30%，说明该疫源地的鼠疫流行有一定区域内固着趋势。

1975~2000年，间接血凝试验121 503份，查出血凝阳性464份，阳性率为0.34%，滴度在1∶20~1∶5120，年平均几何滴度波动在20~269，其中1975~1979年数量最多，占阳性总数的62.08%，滴度集中在1∶20~1∶640，检出鼠疫菌多的年份，血凝阳性率高，滴度也较高。

该疫源地家鼠很少，也没有发现过家鼠间的鼠疫流行，人类感染鼠疫主要由于直接接触染疫的野生啮齿动物。